产 品 名 称 | 土壤基因组DNA提取试剂盒 Soil DNA Isolation Kit |
货 号 | DE-05513 |
规 格 | 50T |
价 格 | ¥762.00 |
描 述 | 快速从各种土壤样本微生物中纯化获得高质量的基因组DNA。 |
产品介绍
本试剂盒提供了从各种来源的土壤中快速简便的提取基因组DNA的方法。土壤样品中存在大量的抑制因子如腐殖酸、金属离子等，这些物质即使微量存在于纯化后的DNA中也会对下游反应，如对PCR、限制性酶切等产生影响。因而纯化土壤DNA的关键在于如何有效的去除土壤中的抑制因子。
本试剂盒采用可以特异性结合DNA的DNA-Only Column、全新的Foregene Protease以及独特的缓冲液体系，可以有效的去除土壤中各种抑制因子，无需有机溶剂抽提或乙醇及异丙醇沉淀，在90分钟内即可完成对土壤样品中DNA的提取操作。
试剂盒应用
该试剂盒适用于纯化以下样本基因组DNA：淤泥样本、花坛土、踩地土、树林土、荒地土、池塘土、湖边土、草坪土等样本。
纯化DNA的应用
土壤基因组DNA提取试剂盒纯化获得的基因组DNA纯度高，可用于常规分子生物学操作，如：酶切、PCR、Southern杂交、文库构建等实验。
DNA提取得率和纯度
提取获得的土壤基因组DNA量与土壤样本的来源、存放时间、水分含量等因素相关。根据Soil DNA Isolation Kit处理各种来源土壤样本，获得的基因组DNA量和纯度见下表：
土壤来源 | 样本用量(mg) | DNA产量(μg) | OD260/280 | OD260/230 |
花坛土 | 500 | 4-5 | 1.7-1.9 | 1.7-1.9 |
草地土(多石子) | 500 | 4-6 | 1.7-1.9 | 1.8-1.9 |
树林土 | 500 | 4-6 | 1.7-1.9 | 1.7-1.8 |
草坪土 | 500 | 6-10 | 1.7-1.8 | 1.8-2.0 |
湖边 | 500 | 6-10 | ≈1.8 | 1.9-2.0 |
松树林下 | 500 | 8-12 | ≈1.8 | 1.8-1.9 |
池塘淤泥 | 500 | 6-8 | 1.7-1.8 | 1.7-1.8 |
注意：此表数据仅作参考，实际操作中由于所用材料的存储条件、操作熟练度等因素影响，所得数据会与此表数据有些许出入。
试剂盒内容
Lysozyme：酶解阳性菌细胞壁。
Buffer TE：用于配制100mg/mL Lysozyme的溶液和提供溶菌酶酶解环境。
Buffer SG1 & Buffer SG2：提供样本蛋白酶酶解环境。
Foregene Protease：在蛋白酶酶解环境下酶解样本，释放基因组DNA。
Buffer SG3：失活Foregene Protease，并提供DNA上柱环境。
Buffer SG4：补充提供DNA上柱环境。
Buffer PW：去除DNA中的蛋白质、RNA等杂质。
Buffer WB：去除DNA中的残留的盐离子。
Buffer EB：洗脱纯化柱膜上的DNA。
DNA-only Column：特异吸附裂解产物中的基因组DNA。
产品信息
型号 | 离心柱型 | 纯化组件 | Foregene离心柱、试剂 |
通量 | 1-24个样品 | 制备时间 | 90 min (24个样品) |
离心机 | 台式离心机 | 样本酶解物分离 | 离心分离 |
离心柱液体盛装量 | 800 μL | 纯化柱DNA承载量 | 80 μg |
洗脱体积 | 100-200 μL | 土壤样本处理量 | < 500 mg |
操作流程
说明书
产品文献
Organic Houttuynia cordata Thunb harbors higher abundance and diversity of antibiotic resistance genes than non-organic origin, suggesting a potential food safe ris
Wenliang Xiang, Kekun Lu, Nandi Zhang, Qianwen Lu, Qin Xu
四川省食品生物技术重点实验室
Food Research International ( IF 3.52 ) Pub Date : 2019-06, DOI: 10.1016/j.foodres.2018.11.032
文章链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0963996918309177#!
MSDS
COA
提取过程中无法获得基因组DNA
Answer
通常有多种因素会影响基因组DNA产量，包括样本来源、样本保存条件、样本的预处理、操作等。
1. 土壤样本保存不当或保存时间太长，导致土壤里面的菌落死亡，基因组DNA已经降解。
建议：土壤样本保存于-20℃或者-80℃；尽量采用新近采取的土壤样本进行基因组DNA的提取。
2. 土壤用量过少或者是特别贫瘠的荒地土。荒地土本身菌落含量很少，如果样本用量很少，可能导致提取不到相应的基因组DNA。
建议：对于菌落含量较少的土壤样本，尽量使用500mg样本进行基因组DNA提取操作。
3. 试剂盒保存不当或存放时间太长，导致试剂盒里面某些组分失效。
建议：购置新的土壤基因组DNA提取试剂盒进行相关操作。
4. 洗脱液没有正确滴加到硅胶膜上。
建议：将65℃预热的洗脱液滴加到硅胶膜的正中间，并在室温放置5分钟增加洗脱效率。
提取获得低产量基因组DNA
Answer
1. 土壤样本保存不当或保存时间太长，导致土壤里面大量的菌落死亡，基因组DNA降解。
建议：土壤样本保存于-20℃或者-80℃；尽量采用新近采取的土壤样本进行基因组DNA的提取。
2. 土壤用量过少或者是特别贫瘠的荒地土。荒地土本身菌落含量很少，相应的量提取到的基因组DNA含量会较少。
建议：对于菌落含量较少的土壤样本，尽量使用500mg样本进行基因组DNA提取操作。
3. 洗脱液问题
建议：请使用Buffer EB进行洗脱；如果使用ddH2O或其他洗脱液，确认洗脱液的pH值在7-8.5之间。
4. 洗脱液没有正确滴加
建议：请将洗脱液滴加到硅胶膜的正中间，并在室温放置5分钟增加洗脱效率。
5. 洗脱液体积太少
建议：请按说明书上要求使用洗脱液进行基因组DNA洗脱，最少不要低于100μL。
提取获得基因组DNA纯度低
Answer
基因组DNA纯度低会导致下游实验的失败或效果不理想，如：酶切不开，PCR得不到目的基因片段等。
1. 样品裂解不充分
分析：加入Buffer SG1后，没有充分混匀，使得裂解液和样品不能较好的反应。
建议：务必按照说明书要求上下颠倒剧烈混匀5sec，使得裂解液可以和样品充分接触，完成裂解。
2. 杂蛋白污染、RNA污染
分析：没有使用Buffer PW洗涤纯化柱；Buffer PW洗涤纯化柱没有使用正确的离心转速。
建议：在上清液过柱时尽量保证上清液中无沉淀；务必按说明书进行Buffer PW洗涤纯化柱，并且此步骤不能省略。
3. 杂质离子污染
分析：省略了Buffer WB洗涤纯化柱或者只洗涤了一次，导致残留的离子污染。
建议：务必按说明书使用Buffer WB洗涤2次，以尽量去除残留的离子。
4. RNA酶污染
分析：Buffer中添加了外源的RNA酶；BufferPW洗涤操作不正确，导致RNA酶残留，影响下游RNA实验操作，如：体外转录等。
建议：Foregene系列核酸提取试剂盒无需额外添加RNA酶即可去除RNA，Soil DNA Isolation Kit里面所有试剂均无需添加RNA酶；务必按说明书进行Buffer PW洗涤纯化柱，并且此步骤不能省略。
5. 乙醇残留
分析：Buffer WB洗涤纯化柱后，没有进行空管离心操作。
建议：按说明书进行正确的空管离心操作。
